Se for uma aplicação em camadas, por exemplo poderia ficar:
br.com.empresa.projeto.negocio (onde negocio seria tudo relacionado à camada de negócio)
br.com.empresa.projeto.persistencia (onde persistencia seria tudo relacionado à camada de persistência)
br.com.empresa.projeto.apresentacao (onde apresentacao seria tudo relacionado à camada de apresentação)