Padronizar aplicacao para usar ISO-8859-1 ou UTF-8

Não recordo se é esta mesma, mas você pode ter o encoding desejado com:

CREATE DATABASE nome_do_banco WITH ENCODING 'LATIN1';

Depende do que será visualizado ou salvo em banco. Prefiro por exemplo utilizar caracteres HTML especiais para resolver a parte de visualização.

Caso padronize a aplicação não vejo problemas. Mas vai ser um trabalho a mais. Você deverá então configurar a aplicação para utilizá-la, e cuidar para não utilizar estruturas que peguem a codificação padrão do sistemas, para evitar comportamento diferente quando mudar de um SO para outro.

Att.

Entendo, estou com medo mesmo de tentar padronizar e acabar deixando algo fora do padrão…

Se eu não modificar o encode de nada pode dar problema tambem ou todos essas ferramentas que estão usando tirando o BD já utilizam algum padrão?

O padrão do Java é UTF-8 mesmo. Já o JSF vai pegar a codificação que vier da requisição, se não configurada, então o melhor é configurar. Apesar do JSF permitir especificar outra codificação que não UTF-8, prefiro utilizar caracteres HTML daí (http://www.w3schools.com/tags/ref_entities.asp).