Ola , vc quer passar os parametros pela aplicação e nao pelo Ireport certo? se for isso …
passe por um Map assim :
public JasperPrint gerar(String parametro) {
JasperPrint rel = null;
try {
Connection con = this.conexao;
HashMap map = new HashMap();
// onde "nome" eh o nome do parametro definido no Ireport
map.put("nome",parametro);
String arquivoJasper = "TesteParametros.jasper";
rel = JasperFillManager.fillReport(arquivoJasper, map, con);
//visualiza relatorio
//JasperViewer.viewReport(rel);
//imprime direto
//JasperPrintManager.printReport(rel, true);
} catch (Exception e) {
JOptionPane.showMessageDialog(null, e.getMessage());
}
return rel;
}
Espero ter ajudado … 
[quote=murieta]Ola , vc quer passar os parametros pela aplicação e nao pelo Ireport certo? se for isso …
passe por um Map assim :
public JasperPrint gerar(String parametro) {
JasperPrint rel = null;
try {
Connection con = this.conexao;
HashMap map = new HashMap();
// onde "nome" eh o nome do parametro definido no Ireport
map.put("nome",parametro);
String arquivoJasper = "TesteParametros.jasper";
rel = JasperFillManager.fillReport(arquivoJasper, map, con);
//visualiza relatorio
//JasperViewer.viewReport(rel);
//imprime direto
//JasperPrintManager.printReport(rel, true);
} catch (Exception e) {
JOptionPane.showMessageDialog(null, e.getMessage());
}
return rel;
}
Espero ter ajudado … 
[/quote]
Ai murieta, aproveitando o embalo de vcs ai, gostaria de perguntar uma coisa.
na minha aplicação, que é desktop, to tendo um problema parecido. não consigo passar o parametro via código pro relatorio no meu caso tenho alguns fields no formulario e gostaria que meus dados fossem passados de acordo com o field numAmostraField. Como faço para passar esse campo como parametro para o formulario.
segue o codigo abaixo.
private void jButton1ActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {
try{
//String strQuery = “select * from bacteriologica where num_amostra =” + numAmostraField;
//return this.session.createQuery(strQuery).list();
//busca a conexão com a classe ConexaoMySQL
Connection con = new ConexaoMySQL().getConnection();
HashMap parametro = new HashMap();
parametro.put(“num_amostra”, numAmostraField);
JasperPrint jp = JasperFillManager.fillReport(“c:/aplicativo java/Sistema_SAAE/relatorio/Relatorio_Bacteriologica.jasper”, parametro,con);
JasperViewer jrv = new JasperViewer(jp);
jrv.setVisible(true);
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
} // TODO add your handling code here:
}