Parar Processamento

Não entendi exatamente o que você necessita, mas Thread’s ajudaria?

Só se você programar ele para ser parável:

public synchronized void continuar() {
   parado = false;
   notify();
}

public synchronized void parar() {
   parado = true;
}
public void metodoQueFazUmProcessamento() {
   while (!acabou) {
      while (parado) {
         wait(100);
      }
      processarUmaPequenaParte();
   }
}

Você não pode processar tudo de uma vez. O "processarUmaPequenaParte" assume que você dividiu o trabalho em pedaços menores. Por exemplo, se você tem que processar 100.000 linhas do BD, você processaria ali apenas 1000, a cada chamada do método.

É impossível simplesmente congelar um programa.