Rapaz, se você está fazendo dpeloy usando um arquivo war, eu tenho quase certeza de que você deve usar o FileResourceServlet. Dà uma olhada aqui.
Se ainda não rolar, procura uma forma de pegar um arquivo de dentro de um jar (só dar um this.getClass().getResource(“path”)). Isso é muito comum em aplicações Swing que possuem imagens (ícones). Fica tudo encapsulado dentro do jar.
Só fica atento pra um detalhe: você não pode modificar o arquivo.
Editado daqui pra baixo.
Mas me diz uma coisa: por que você quer pegar do war? Você pode colocar o jrxml dentro do war sem problema algum. O Tomcat, depois que você faz deploy, cria uma pasta com a estrutura do war e você tem seus arquivos ali. Se não der pelo pacote, tente trocar os “.” por “/”.
De qualquer forma, acho que é mais problema de JasperReports do que de WAR. Posta a stacktrace da Exception, fazendo um favor.