Já revirei a internet atrás dessa resposta.
Na JRE 1.4 existe esta chamada:
KeyboardFocusManager.getCurrentKeyboardFocusManager().getFocusedWindow();
que me retorna a janela que possui o foco em dado momento. O problema é que precisa fazer isso na JRE 1.3 que não possui o KeyBoardFocusManager! 
Se alguém já tiver passado por isso antes e souber a resposta seria muito grato
[]s Igor