Ao invés de usar for(i=0; i<=100; i++), utilize for( int i=3; i<=100; i+=3 ) e remova a expressão de condição( if ). Desde então seu código ficará assim:
public class MultiplosDe3 {
public static void main(String[] args){
for( int i=3; i<=100; i+=3){
System.out.println(i);
}
}
}
Lembrando que i+=3 é o mesmo que i=i+3
Faz os testes e reporta se deu certo!
Abraço!