Perda comunicação com certificado A3

Bom dia pessoal, estou tendo uma dificuldade com relação ao envio de uma NF-e usando certificado A3.
O sistema faz o acesso ao certificado, faz o envio da nota, faz a consulta de status dos serviços tudo normal.
Porem após algum tempo, perde-se a comunicação com o certificado, sendo necessário remover o dispositivo e conecta-lo novamente.
Fiz teste em uma maquina com windows 7 64 bits e windows XP 32 e não tive problemas.
O cliente está usando uma maquina com windows server 2008 e esta argumentando que o sistema gratuito da NF-e não tem esse tipo problema.
Alguém tem alguma dica para me passar?