estou desenvolvendo uma aplicação opensource e estava pensando em usar o github porem sou muito a favor do svn no eclipse, eu gosto de toda a estrutura de sync dela, porem existe para o eclipse o plugin do git, para trabalhar com o git é melhor usar em linha de comando ou o plugin?
Essa é uma decisão pessoal. Se você gostar de linha de comando, use-a. Eu, particularmente, uso em linha de comando praticamente o tempo tdo. Poucas vezes vou para uma interface gráfica. (Mas, no meu caso, uso Linux, então, a linha de comando dele é um pouco melhor pra fazermos algumas coisas no git.)
Eu prefiro usar o plugin da IDE, não gosto de linha de comando.
Tem também um app chamada GitHub for Windows que é bem boa de usar: http://windows.github.com/