Cara, na verdade vc pode executar suas querys normais pelo hibernate, se for o
caso de retornar pojos também, e para isso use o método: createSQLQuery().
Agora se você quiser usar uma conexão em um projeto seu que já possuí o
hibernate configurado, use a mesma classe que o hibernate usa para obter suas
conexões do c3p0: org.hibernate.connection.C3P0ConnectionProvider.
Lembrando que se vc não encontrou nada sobre o c3p0 em seu log de inicialização
é pq ele não está funcionando, e neste caso informe a connection.provider_class no
hibernate.cfg.xml, assim: