pesquise sobre hibernate, aqui no GUJ tem ateh um tutorial.
Vc pode fazer com JDBC com JDBC vc um metodo chamado ResultMetadata que ele pega as estruturas das tabelas como por exemplo nome tipo tamanho etc…
Vc pode comparar as tabelas e ir populando conforme a tabela.
Vc pode fazer então um programa que vc possa escolher as ordens de população das tabelas usando JDBC por que se não vc vai ter que criar as anotações do Hibrenate ou JPA para poder popular automaticamente.