Porque Lomboz apaga web.xml?

Instalei o Lomboz, no Eclipse 3.1 via tutorial do site, quase tudo funciona perfeitamente, e esse quase é justamente, pelo seguinte, quando vou fazer o deploy, testando a aplicação, usando o um exemplo básico do tutorial do site, o lomboz apaga todo o conteúdo de web.xml, o deixa em branco, antes não estava, o que poderia ser isso???, fiz a instalação toda certa, conferir e bateu com o tutorial, mas ocorre isso.