Qual empacotamento tu está usando? WAR? Se for, eu espera uma estrutura de arquivos e pastas mais ou menos igual a essa:
A pasta aplicações web (webapp) fica dentro da pasta de recursos implantados (Deployed Resources)
Dentro de webapp eu tenho uma pasta de paginas onde ficam os XHTML, reports onde ficam os relatórios, resources (recursos) onde ficam os anexos (css, js, etc.)  e uma pasta de templates. Para que o servidor ache o index, ele deve estar dentro de webapp que por sua vez dentro de Deployed Resources, isso se o empacotamento for WAR (Web Archiv).
Veja uma doc que eu tenho:
Como pode ser visto na imagem acima, o pacote WAR cria 7 diretórios. Desses diretórios, no projeto, conforme as tecnologias utilizadas, fez-se uso de somente dois deles, a saber:
a) Java Resources;
b) Deployed Resources.
O Java Resources contém os pacotes src, onde devem ficar os códigos-fonte Java. São em número de quatro. As implementações do lado servidor (back-end), ou seja, a codificação Java que manipula as requisições do cliente estão contidas no diretório src/main/java. Com efeito, os pacotes de encapsulamento das entidades (JavaBean), de objeto de acesso de dados (DAO), de domínio da aplicação (Domain) e de configuração do banco de dados são definidas neste diretório.
No diretório Deployed Resources se define o front-end, ou seja, as implementações do lado cliente. Para essas implementações, utilizou-se o sub-diretório webapp. Esse subdiretório (Web Application) é criado dentro da estrutura padrão do Maven para projetos Web. É nele que ficam armazenas as páginas com as quais os usuários interagem, as cargas de CSS e os layouts de relatórios. Dentro da estrutura MVC, corresponde à visão (view).