ponha o codigo que dispara esse processo em uma classe que extenda thread ou implementer runnable e enquanto isso faça sua classe rodar o cronometro ou o progressbar, e para saber se o processo acabou utilize metodo de controle por concorrencia. Essa parte de concorrencia não posso te ajudar pois ainda não utilizei, mas se não me engano o JAVA 5 tem uma classe que cuida disso que é a java.util.concurrency uma coisa assim.
Da uma olhada na net tem bastante material sobre o assunto