Então …
o jboss-3.2.5 não vem com esses arquivos.
O que vc pode fazer é baixar o jboss-3.2.3RC1 que vem com esses arquivos.
Ou, o que acho melhor, alterar a definição do server no plugin:
Considere ECLIPSE_HOME o diretorio da instalacao do eclipse.
Para o Lomboz 3 (no caso do 2 só muda o caminho do plugin):
:arrow: entre em: ECLIPSE_HOME/plugins/com.objectlearn.jdt.j2ee_3.0.0/servers/
:arrow: no arquivo ‘jboss32x.server’, retire as seguintes linhas:
(...)
<jar type="variable">${classPathVariableName}/lib/jboss-boot.jar</jar>
(...)
<jar type="variable">${classPathVariableName}/server/${serverConfig}/lib/javax.servlet.jar</jar>
:arrow: Agora inicie seu Eclipse. Dessa vez não é para ele reclamar.
:idea: Edite o arquivo que citei anteriormente setando ‘classPath’ e ‘serverRootDirectory’ para o seu JBOSS_HOME,
(...)
<property id="serverRootDirectory"
label="Application Server Directory:"
type="directory"
default="[b]JBOSS_HOME[/b]" />
(...)
<property id="classPath"
label="Classpath Variable:"
type="directory"
default="[b]JBOSS_HOME[/b]" />
(...)
e mova os outros arquivos para um diretorio de backup (para parar de aparecer aquela lista enorme de servers !!)
Digo isso porque se tem uma coisa que o Lomboz não faz é salvar suas configurações corretamente. :?
Espero ter ajudado. 
[]s [/b]