Problema Aplicação passando Pelo Apache mod_jk

Pessoal vou tentar ser simples mas explicativo.

Tenho uma aplicação rodando no glassfish 2.1.
Executo um processo nela que fica rodando com um modal_panel na frente de aguarde.
Até ai tudo bem.
O que ocorre é que:
Quando utilizo ela por IP:8080/aplicacao acessando direto o glassfish ela roda tranquilo.
Quando chamo via www passando pelo apache e mod_jk o processo termina e o modal_panel nao sai da tela.
Existe alguma configuração, timeout, que possa ser ajustado para resolver isso?