Problema com associação many-to-many sem o uso de frameworks

E ai galera, tudo bem?

Estou desenvolvendo um trabalho na faculdade e estou com uma dificuldade em uma associação do tipo many-to-many com classe associativa, o problema é o seguinte:

-Tenho uma classe Paciente;
-Tenho uma classe Doenca.

No banco de dadeos é gerada uma terceira tabalea, a tabela doencapaciente, onde tenho a chave de paciente e a chave de doença e mais alguns atributos.

A persistência eu estou construindo com classes DAO, pois é o foco do trabalho, como eu devo implementar esta classe do meio?

Obs: Um professor deu a seguinte dica, crie uma classe que tenha um objeto paciente e um objeto doenca e mais os outros atributos chamada DoencaPaciente, ai criar um ArrayList na classe Paciente, esta dica esta certa?

eu faria:

class Paciente{
 List<Doenca>doencas;
}
class Doenca{
List<Paciente>pacientes;
}