Problema com Encode em JTextArea com String vindo do sistema operacional

Pessoal, estou com um pequeno problema e espero que alguém aqui possa me ajudar.

Estou criando um Compilador para a disciplina de mesmo nome. Este compilador é escrito em C e eu já tinha criado uma interface gráfica em Java para ele (pois semestre passado foi a em Java a disciplina) e agora fiz a integração do compilador (em C) com o Editor (em Java).

Para a integração eu utilizo o seguinte código:

String parametros[] = {caminhoCompilador, "-m", caminhoDoArquivo};
                processo = Runtime.getRuntime().exec(parametros);
                InputStream in = processo.getInputStream();
                int c;
                String saida = "";
                // Retorna a saida do getRuntime() para a interface grafica
                while ((c = in.read()) != -1) {
                    saida += ((char) c);
                }
                jTextLog.setText(saida+"\n\n\n");
                in.close();

Porem estou tendo um problema de encode do texto que vem do sistema, no meu caso ocorre dos caracteres que tem acentos ficam desconfigurados. Gostaria de saber se teria para fazer com que o texto do JTextArea fosse encodado em UTF-8 ou então converter essa String “saida” para o encode usado pelo JTextArea (que acho que penso ser ISO 8859-1.

Att. Tácio Andrade.