Problema com Netbeans: "WEB-INF directory can not be found in /path da aplicacao/web/. (...)"

estou enfrentando o seguinte problema que, possívelmente, mais alguém também já deve ter passado.
Vejam a situação: crio um novo projeto web usando o Netbeans (tanto faz se é o Netbeans 5.0 ou 5.5 (atualmente estou testando com o 5.5)), marcando para utilizar o framework Struts, pedindo para incluir as TLDs do framework, etc.
O projeto é criado com sucesso, as pastas são criadas, tudo funciona perfeitamente até o momento em que vou criar algum arquivo relacionado à parte web, como por exemplo classes do Struts ou um JSP.
Passo a receber a mensagem “WEB-INF directory can not be found in /path da aplicacao/web/. It may have been removed or renamed”.
No entanto, não movi o arquivo nem mudei seu nome. O que pode ser isto?

Estou trabalhando no Linux, sendo assim já tentei trabalhar com o Netbeans tanto como super usuário tanto como usuário normal. O problema persiste.

Alguém tem alguma idéia sobre o que pode ser isto?

Ninguém?