O problema é o seguinte, apos adicionar itens na lista o tamanho fica estranho:
segue o codigo que estou usando:
builder.add(labelDiretorio, cc.xy(2, 2));
builder.add(labelSimular, cc.xy(6, 2));
builder.add(paneDiretorio, cc.xy(2, 4, CellConstraints.FILL, CellConstraints.FILL));
builder.add(paneArquivos, cc.xy(6, 4, CellConstraints.FILL, CellConstraints.FILL));
JPanel painel = new JPanel();
painel.setLayout(new GridLayout(2, 2, 5, 5)); //grid com espacamento 5
painel.add(this.botaoSub);
painel.add(this.botaoAdd);
painel.add(this.botaoSubAll);
painel.add(this.botaoAddAll);
builder.add(painel, cc.xy(4, 4));
builder.add(labelFiltro, cc.xy(2, 6));
builder.add(filtroCombo, cc.xy(2, 8, CellConstraints.LEFT, CellConstraints.CENTER));
