Este problema não aconteceu comigo, mas gostaria de saber o que ocasiona isto. Por exemplo, eu tenho um projeto no eclipse que está inteiramente associado a um determinado ramo(branch) e dentro deste mesmo projeto existe uma pasta que está apontando para outro ramo(branch) .
O meu medo é que alguém acabe comitando algo nesta pasta que está referenciando outro lugar sem saber e consequentemente furando o controle de versões da evolução de uma determinada funcionalidade, evitando por exemplo integrações contínuas.
Aconteceu com alguém este caso, e se sim, o que foi que fez para ocasionar esta situação. Espero ter sido claro, mas se não estiverem entendido me perguntem!!!