Problema de encoding no Eclipse

Boa tarde pessoal!

Fiz o checkout de um projeto aqui da empresa e qnd abri algumas classes percebi que os comentários estavam meio esquisitos, como por exemplo:

 /**
	 * Obtém a descrição do tipo de mídia.
	 * 
	 * @return Descrição do tipo de mídia.
	 */
	String getDescricao();

Verifiquei o encoding que estava sendo utilizado no Eclipse e vi que era cp1252, que é o padrão da IDE. Troquei para UTF-8 e desta forma estes erros de acentuação foram corrigidos.

Porém, ao executar um script ANT que compila as classes do projeto, recebi vários warnings no console informando que as classes estavam sendo compiladas como cp1252, e desta forma os comentários continuavam com problemas de acentuação!

O que eu não to entendendo é o seguinte: se eu troquei o encoding do eclipse e dei build no projeto, como é que o encoding dos arquivos continua como cp1252?

Alguém tem alguma sugestão?

Obrigado e abraços à todos!