Problema - eclipse gerando ear empacotado

Olá pessoal,
tenho uma aplicação web (.ear) e uso a ferramenta eclipse para desenvolve-la.
Desenvolvo a app utilizando o deploy expanded e quando vou gerar ela packaged pelo eclipse ou até mesmo pelo ant, ela não tá encontrando o meu mapeamento do hibernate que é via xml. O estranho é que sempre funcionou e agora só funciona expandido, empacotado não.
Aguém já passou por isso ou tem alguma idéia do que possa ser?
uso o eclipse 3.3 com myeclipse 6

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