Sim, nas versos do Windows posteriores ao 98 ( ME adiante ) eh tudo pelo painel de controle. No tutorial explica isso, mas nao esta muito destacado nao :).
Em relacao as variaveis JAVA_HOME e CLASSPATH, o esqueme eh o seguinte: alguns softwares requerem que voce tenha configurado a JAVA_HOME, pois ele usam a mesma para saber onde se encontra o JDK. O compilador e o interpretador nao precisam dela, mas talvez algum dia algum software que vc for executar ira pedir.
A CLASSPATH o esquema eh parecido. Se ela nao esta configurada, a JVM ira procurar nos diretorios default, o qual inclue o atual ( especificado pelo ponto ). Porem, se vc adiciona algo na CLASSPATH, a JVM ira ignorar as configuracoes padrao e usar o conteudo da varivel, e eh por isso que muitas pessoas tem problemas quando alteram a mesma, pois apontam para algum diretorio mas nao incluem o ponto junto.
Basicamente falando eh isso. Estamos fazendo um artigo sobre a utilidade das variaveis de ambiente do Java, onde tera uma explicacao mais detalhada.
Rafael