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Ao escrever qualquer texto dentro de um arquivo, seja txt, html, php, a tecla Enter, que naturalmente representa uma quebra de linha, não funciona, da para escrever normalmente dentro da JTextArea mas ao salvar, todas as quebras de linha somem inesperadamente, acho que se trata de codificação, mas utilizo UTF-8, ISO-8859-1, US_ASCII, etc, mas nada funciona, então estou errado.
Como resolver?!?!?!
Não é exatamente este problema que eu tenho, este problema pode ser resolvido utilizando, para a área de texto, o container JScrollPane.
O meu problema é que, quando o arquivo é salvo, as quebras de linhas feitas no texto desaparecem, inexplicavelmente.
Mauls ai. Falta de atenção minha 
Creio que seu problema seja resolvido aqui: http://javafree.uol.com.br/topic-868639-Redimensionamento-e-quebra-de-linha-JTextArea.html
“2° - Quando salvo meu arquivo ele não salva quebra de linhas, ou seja, onde deveria ter a quebra de linha aparece um caracter estranho ([]).”
“E o problema de salvar os arquivos sem quebra de linha, utilizer o método PrintWriter ao invés de FileWriter. Outro item importante que me bati bastante mesmo usando o PrintWriter é que se vc ler o arquivo no Bloco de notas do windows, o arquivo é mostrado da mesma forma quando salvo com FileWriter, pois o NotePad não lê Unicode.”