Problemas com charset ao startar Tomcat

Boa tarde a todos,

Tenho uma aplicação Web e a carteira de clientes vem aumentando, então estou desenvolvendo uma outra aplicação para facilitar a atualização.
Já consigo publicar minhas atualização de forma correta e parar o servidor.
E até consigo subir o serviço do Tomcat via SSH com o comando: su teste catalina.sh start;
Na minha aplicação web tenho uma funcionalidade de capturar dados do cartão CNPJ.
Quando vou manualmente no servidor e executo o comando de start, funciona tudo ok.
Mas quando faço esse comando via minha aplicação desktop, o cartão cnpj vem com charset alterado, ou seja, vem com caracteres do tipo ‘?’ no lugar do ‘ç’.

Alguém já passou por isso?

Alguém?