Problemas com criação de JAR no NetBeans

Estou com problemas para criar o jar no NetBeans.
Ele cria, porém não é ocorre as mesmas ações que acontece quando executo o sistema pela IDE. Por exemplo, quando é com o jar (quando executo ele) e clico no botão “Ok”, a tela é duplicada (aparece a mesma tela) e assim sucessivamente.
Quando execute pela IDE, o sistema funciona corretamente.
O que pode estar acontecendo?
Tentei gerar os jars na mão, mas não consegui (ocorrem muitos erros por causa da acentuação que o NetBeans faz e acontecem algumas exceptions porcausa do db4o - alguém sabe por que? Algo a ver com Reflection.)

Grato
João.