Problemas com Divergências do java 1.3 para 1.6

Pessoal, estou migrando para java 1.6 e tenho em meu sistema um menu principal e a partir deste vou abrindo várias telas.
O problema é o seguinte quando abro uma segunda tela , não consigo clicar no meu menu principal sem que minimize a tela que esta ativa no momento.Isso só ocorre se eu rodo a aplicação no java 1.6 …

Alguém já passou por isso, tem alguma dica do que pode ser ?