Problemas com Makefile de compilação

Voce não precisa fazer o make dos arquivos java, voce deve gerar um .so (ou .dll para windows) e usar o System.loadLibrary(“nome”) no Java, deixando a native lib no class-path.

mas então como que eu gero sem o main(que é em java) ?

Voce gera somente a parte C++ primeiro, depois a do Java.

http://download.oracle.com/javase/1.5.0/docs/guide/jni/spec/jniTOC.html

ainda estou sem entender.
No arquivo pra criar o makefile, não é necessário explicitar o arquivo main?

Não.

Voce deve criar uma shared library apenas com seu codigo nativo.

E voce tem que criar os metodos JNI nativos para poder linkar do Java depois que tiver a library.