Problemas com o Log4j

Boa tarde Sr(a)s.

Estou tendo problemas ao usar o Log4j. Ocorre que o TomCat ao levantar as aplicações , ou após o deploy de uma nova versão de alguma outra aplicação, fica apontado para a última que foi levantada , ou a última que foi feito o deploy. Todos os logs das aplicações que estão rodando no Tomcat ficam somente em uma aplicação. Gostaria que ficassem separadas por sistema.