1 - Quando serializar?
2 - O que serializar (apenas objetos)?
3 - Serialização é apenas relacionado a persistencia dos dados, quer seja em arquivos ou BD (Hibernate, JDBC…)?
Se quiser saber mais sobre serialização, procure pelas classes FileOutpuStream (usada para escrever no arquivo), ObjectOutputStream (para escrever o objeto no FileOutputStream), FileInputStream (para ler o arquivo com o objeto serializado) e ObjectInputStream (para criar uma instância do objeto lido pelo FileInputSream).
Até mais.