É algo pessoal comigo, ou com mais alguém acontece do Eclipse “esquecer” as configurações dos working sets?
Eu crio um, colocando alguns diretórios, e o seleciono. Funciona. Tiro a seleção do working set, fecho o projeto, e quando abro de novo, e seleciono novamente o working set, apenas os diretórios marcados como “source” aparecem. Todos os outros previamente selecionados são simplesmente apagados da configuração.
Estou usando o Eclipse 3.1.2. Com o 3.1.1 acontecia a mesma coisa.