Problemas de Log Arquivo

Estou com um problema, criei uma funcionalidade para ler um arquivo no Unix
Ele lê o arquivo pega essas informações cria outro arquivo em um outro diretório, apaga e cria um novo arquivo que é a base para o log.
Acontece que eu não posso deletar e criar um novo arquivo no Unix, pq o Unix perde referencia.
Então eu tenho que ler, gravar e apagar apenas os registros e deixar o arquivo lá, vazio.
Será que algum pode me ajudar , como fazer isso
Um abraço

Vê se é isso o que você quer!

import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;

public class Class1 {
    public Class1() {
    }

    public static void main(String[] args) throws Exception {
        File f = new File("c:/temp/file.txt");
        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(f));
        
        String linha = null;
        while ((linha = br.readLine()) != null ) {
            System.out.println(linha);//simula a gravação em um outro arquivo
        }
        
        
        BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(f));
        bw.write("");
        
        bw.close();
        
        linha = null;
        System.out.println("imprimindo o novo conteúdo");
        while ((linha = br.readLine()) != null ) {
            System.out.println(linha);//imprime o novo conteúdo
        }        
        
        
    }
}