Gostaria de saber os comandos certos para compilar um arquivo .java, depois de ter setado as classes que ele utiliza e que se encontram em um diretorio diferente de onde o arquivo a ser compilado se encontra.
Aproveitando ainda gostaria de saber como compilar .java e depois rodar o .class quando eu utilizo package e utilizo arquivo utiliza outras classes desse mesmo pacote.
Se as classes estão em um diretório diferente, esses diretórios precisarão estar no classpath. Fora isso, é o mesmo comando de sempre: javac arquivo.java (você também pode colocar a opção -classpath no próprio comando, mas não é obrigatório).
Quanto aos packages, o importante é estar no diretório anterior ao package ao executar os comandos, e aí utlizar o nome completo da classe (incluindo o package).
Tudo isso fica bem mais fácil se você utilizar alguma IDE.