Eu to com um problema que pelo menos pra mim está sendo pertubardor, ja ta indo pro segundo dia e não consigo achar uma solução 
Se eu gerar um jar com este código:
import javax.swing.JFrame;
public class Vai {
public static void main(String[] args){
new JFrame(){
@Override
public void setVisible(boolean flag) {
super.setVisible(flag);
super.setDefaultCloseOperation(EXIT_ON_CLOSE);
}
}.setVisible(true);
}
}
até ai ta bunito, eu dou dois cliques no meu jar e beleza, a aplicação abre bunitinha 
agora, eu tenho uma aplicação que depende 3 2 outros jars(RXTX e jDom) se eu crio um jar tanto no eclipse (tanto com o fet jar, como no propio eclipse normalmente) ou com o netbeans, a aplicação não abre com duplo clique, e, so funciona se eu ir na linha de comando e fazer:
java -jar MinhaAplicacao.jar
Eu ja olhei/editei o MANIFEST.MF e nada, parece estar tudo normal.
Manifest-Version: 1.0
Class-Path: .
Main-Class: MinhaAplicacao
Alguem sonha como resolver este tipo de problema ? eu olhei algumas soluções propostas em alguns tópicos antigo mas nada funcinou … :?