Infelizmente o editor do Netbeans não vai te ajudar muito nesse caso. Ele vai te ajudar a monta o que tem ao redor do seu painel de pintura, mas como o painel que conterá os desenhos é um editor gráfico por si só, e com um objetivo diferente do Netbeans, você não se beneficiará do matisse nesse caso.
Mas não desanime. Ao invés de usar métodos como drawRect e drawArc da classe Java2D, procure se informar sobre como usar classes como Rectangle2D, Ellipsis2D. Elas já tem métodos que permitem a você identificar se um determinado ponto está ou não dentro da figura (o “hit testing” que o Thingol falou). Você só deve se preocupar adicionalmente com qual figura está sobre qual (o famoso “z” da figura) para testar se o ponto está dentro da figura certa.
Existem bons sites que descrevem o funcionamento do java 2D. O primeiro, é o próprio manual da Sun, recomendadíssimo:
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/guide/2d/spec/j2d-bookTOC.html
O segundo, é o livro Killer Game Programming in Java. Como jogos são basicamente gráficos se movendo, o livro dá dicas interessantes, principalmente sobre como manipular imagens:
http://fivedots.coe.psu.ac.th/~ad/jg/
Finalmente, o site da Sun também publicou um artigo, dando dicas para quem quer fazer componentes do Swing. O artigo é muito importante pois descreve o mecanismo de eventos, como funciona o repaint e como você pode aproveitar informações para não ter que repintar a tela inteira, o tempo todo. Por exemplo, um erro comum da galera é sobrescrever o método paint, no lugar de paintComponent.
Confira o link:
http://java.sun.com/products/jfc/tsc/articles/painting/index.html#swing