Procedure travando o banco

Nem sei se aqui é o lugar ideal para fazer este tipo de pergunta, mas sei que tem pessoas que podem ajudar.
Na minha aplicação eu estou usando wicket, jpa, spring e quartz.
Neste sistema tem um processo que fica indo a cada segundo no banco ver se chegou novos dados, verifico isso através de uma procedure.
Tem uma outra procedure que também consulta a mesma tabela da primeira procedure, que fica sendo executada a cada segundo, se esta segunda procedure demorar muito o processo as outras consultas que são feitas a cada segundo pelo sistema entram em waiting e trava toda a minha aplicação.
Pensei em tirar esta regras das procedures e passar para as minhas daos, isso iria ajudar muito? E outra coisa as regras das procedures ficariam completamente nas daos? Ou as daos só iriam fazer os sqls e uma outra classe controlaria essas regras das procedures, por exemplo uma classe que fica na view?