Processo de um desenvolvimento de software usando JAVA

1 - Conheça bem a linguagem JAVA, crie as classes de persistência, classes de conexão com o banco de dados que irá escolher, se vai começar do zero eu indicaria o uso da plataforma JAVA FX para criação do seu front end e o uso do MVC (Model View Controller) e junto trabalhe com css para melhorar o visual da sua aplicação.
2 - Caso não uso qualquer ferramenta que agilize o processo de desenvolvimento como HIBERNATE que faz a comunicação com o banco de dados e queira fazer na mão, eu indico fazer um projeto a parte de Persistência e Classes de conexão o banco de dados (Classes DAO) e gere uma lib para o projeto principal e aproveite o Model do MVC e monte junto com a classe de persistência.
3 - Banco de Dados: se você criar o projeto a parte e gerar uma lib para o projeto principal fica facil quando você quiser mudar para outro banco de dados.

Essa é uma pequena explicação, se não fui claro faça mais perguntas que vou te respondendo.

massa, estou um pouco familiarizado com JSF e primeFaces, referente o programa de prototipo Balsaming Mockups 3, fiz o modelo do meu sistema, agora vou implementar. Estou aprendendo boodstrap. estou indo bem?

Estou aprendendo Scrum, e quero aderir ao meu projeto.

Se vc está usando JSF, não precisa aprender Bootstrap (se estiver falando do http://getbootstrap.com/) pois JSF já é componentizado. Como você está começando agora, deixe o Scrum de lado por enquanto, pode te atrapalhar. Dá pra aplicar o Scrum em partes, em um projeto pessoal, com uma única pessoa trabalhando, porém vai da necessidade de cada projeto.

Pra criação do sistema, pense no escopo do seu projeto, desenhe seu DER, e comece a criar suas classes de modelo. Anote com as anotações JPA para as classes que serão persistidas. Crie seus DAOs pro seu CRUD, crie suas views que serão seus Managed Beans do JSF, e depois crie seus .xhtml.

Dica: Primeiro faça um “hello world” end-to-end. O que seria isso? Configure todo seu projeto, adicione as libs, crie os arquivos de configuração, cria uma classe simples, anote com JPA, cria uma tela no JSF que mostre algo na tela. Vai devagar e vai testando as poucos.

Agregando as palavras do Igor, use também um gerenciador de pacotes lib, Ex: Marven, se for um projeto com uma arquitetura grande de uso de bibliotecas seria legal utilizar. As técnicas de gerenciamento projeto como SCRUM / CANVAS etc… são boas mas tem que haver participação de toda as pessoas necessária para elaboração do projeto, isso dificultará para você que está começando.