Bom dia.
O que seria, estar tudo no seu JFrame?
Pelo nome do seu projeto, eu deduzo que você utilize JDBC ou outro meio de persistência no banco de dados, perfeito?
Partindo desta premissa, o ideal é que você possa utilizar algo próximo ou o até mesmo (ideal) o padrão MVC, não é algo tão simples e tem alguns posts aqui no GUJ sobre este assunto, mas resumidamente, a ideia é desacoplar funções, no sentido de que, por exemplo, na camada de visualização (interface gráfica) não tenha código, como por exemplo, ResultSet, um Select ou algo deste tipo, entende?
Uma ótima prática de programação é que você consiga separar as funções de seu projeto em camadas. Vamos supor que você aplique as regras de negócios na camada de visualização, quando você precisar adicionar outro método e/ou ajustar algum já existente, você terá que alterar código na sua camada de apresentação, sem falar em questão de elegibilidade.
Então, o meu conselho, analise com calma o seu projeto e separa as camadas, eu diria até para separar em três camada básicas:
1 - Apresentação (suas telas e etc)
2 - Regras de négocios (seus if´s e etc, exemplo: só vou persistir um produto se o preço dele for maior que R$50,00)
3 - Camada de persistência (aqui, você faz o select, update, insert, delete e etc, seus result set ou outra API)
Espero ter ajudado 
Abraços.