Programar Corretamente

Olá pessoa, estou com uma dúvida, estou desenvolvendo um sistema, que irá chamar os jar´s através de .bat.
São vários jar´s para chamar, ele verifica se o processo do jar acabou e executa o proximo jar.
Gostaria de sabe se a forma que estou implementando está correta, ou está parecendo um ninho de gato rsrs!
Por favor pessoa, preciso saber da melhor maneira de programar em java estou começando a pegar o jeito da coisa e gostaria da ajuda de vc´s

/*
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 */
package planominutoslocal;

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.PrintWriter;
import java.sql.Connection;
import java.sql.DriverManager;
import java.sql.PreparedStatement;
import java.sql.ResultSet;
import java.sql.SQLException;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.Calendar;
import java.util.Date;
import java.util.GregorianCalendar;
import javax.swing.JOptionPane;

/**
 *
 * @author e449045
 */
public class PlanoMinutosLocal {

    private static String SDS = "\\";
    private static Integer msg = null;
    private static String dt_ciclo;
    private static String dt_mes_ftra;
    private static String dt_data;
    private static String dt_corte;
    private static PrintWriter arquivo;

    public static void main(String[] args) throws ClassNotFoundException, SQLException, IOException, InterruptedException {

        try {
            Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
            Connection connection = DriverManager.getConnection("jdbc:sqlserver:localhost:1433;databaseName=banco_bd", "usuario", "senha");
            System.out.println("conectado");

            PreparedStatement stmt = connection.prepareStatement("select top 1 * from status_minutos order by dt_processo desc");

            ResultSet rs = stmt.executeQuery();

            while (rs.next()) {
                msg = rs.getInt("dt_processo");//verifica a proxima data de processamento
                System.out.println("Data de Processamento : " + msg);
            }

           
            String comando = "C:\\NetBeansProjects\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_PLN\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_PLN.bat";
            try {
                File file = new File("C:\\CTL_MINUTOS_LOCAL\\BtPlano\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_PLN.txt");
                Runtime.getRuntime().exec("rundll32 SHELL32.DLL,ShellExec_RunDLL " + comando); //executa o sistema  
                //File file = new File("C:\\CTL_MINUTOS_LOCAL\\BtPlano\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_PLN.txt");
                while (!file.exists()) {
                    System.out.println("Aguardando 5 segundos...");
                    // Aguarde 5 segundos     
                    Thread.sleep(5000);
                    file = new File("C:\\CTL_MINUTOS_LOCAL\\BtPlano\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_PLN.txt");
                }
                System.out.println("ok");
            } catch (IOException e) {
                e.printStackTrace();
            }

            String comando2 = "C:\\NetBeansProjects\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_SRV\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_SRV.bat";
            try {
                File file = new File("C:\\CTL_MINUTOS_LOCAL\\BtPlano\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_SRV.txt");
                Runtime.getRuntime().exec("rundll32 SHELL32.DLL,ShellExec_RunDLL " + comando2); //executa o sistema  
                while (!file.exists()) {
                    System.out.println("Aguardando 5 segundos...");
                    // Aguarde 5 segundos     
                    Thread.sleep(5000);
                    file = new File("C:\\CTL_MINUTOS_LOCAL\\BtPlano\\ps_BT_PLTA_ATIS_PQ_SRV.txt");
                }
                System.out.println("ok");
            } catch (IOException e) {
                e.printStackTrace();
            }

        } catch (SQLException e) {
            JOptionPane.showMessageDialog(null, "Erro : " + e);
        }
    }
}

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