Projeto feito no windows abrir no linux

Galera primeiramente obrigado pela atenção de todos, to passando por um pequeno problema aqui, fiz alguns projetos no windows utilizando o Netbeans e agora instalei o Linux Ubuntu, no Netbeans dentro do Ubuntu se eu abrir a aplicação da pasta aonde esta o projeto no windows ele abre normal como projeto, agora se eu der um cp -R /pastaqueesta /pastaqueeuquero e abrir o projeto da /pastaqueeuquero ele entende q é um diretório e não um projeto, o que faço?
Alguém já passo por este tipo de situação?

Grato desde já.