Estou salvando uma alteração no properties, mas ele salva apenas a alteração, ou seja, o resto do conteúdo é descartado.
Por que será que está acontecendo isso?
Provavelmente deve ser um simples erro que eu não estou enxergando. Procurei no fórum e achei algumas coisas, mas não consegui solucionar. 
Segue o código:
static FileInputStream input;
input = new FileInputStream("source.properties");
p.load(new BufferedInputStream(input));
//...
p.setProperty("nome_proc", "proc_inexistente");
p.store(new FileOutputStream(new File("source.properties")), "");