Galera aqui tem um comparativo bem legal:
Na opinião de voces qual é a melhor?
Na minha opiniao eles sao muito parecidos. Eu uso prototype porque foi o primeiro que tentei e gostei. Quando vi o jquery, nao achei motivos para mudar. Acho que o contrario tbm seria valido.
Eu acho JQuery infinitamente superior desde sempre (a sintaxe, a filosofia etc). Nas últimas versões o Prototype tentou tirar o atraso e copiou várias coisas, mas fico ainda com JQuery.
É importante notar que o JQuery tem MUITO mais mercado que o Prototype hoje em dia…
ExtJS!!! 
depois JQuery!!! Brincadeira pessoal… para site o JQuery é melhor pois é mais enxuto (Minha opinião)
eu ja trabalhei com os dois, e fico com o jQuery sem dúvidas… ainda mais se levar em conta os plugins, da pra fazer tudo que se possa imaginar
Eu tive experiencia com o Prototype e também gostei, mas pelo jeito o JQuery é mais clean ainda.
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