Qual a diferença dentre iReport e JasperReports?

A resposta é simples: os dois coexistem.

Detalhando:
O JasperReports é o framework responsável por montar os seus relatórios, é quem faz o trabalho pesado seguindo um arquivo template em xml (jrxml, pra ser mais específico).
O iReport é uma interface gráfica (feita em java) que auxilia na montagem do template jrxml (citado acima), que funciona de forma semelhante a uma ferramenta RAD, porém para relatórios. O JasperReports pode existir sossegadamente sem o iReport, já o inverso não.
Compreenda, o ireport serve para te auxiliar na construção desse template (o xml, citado consecutivamente acima), mas você pode fazer isso na mão se quiser, dispensando o iReport, porém tendo muito mais trabalho.

Compreendeu?

mas se o iReport é feito em Java pq tenho o .exe dele?

E qual o problema de se ter um programa java em um executável windows?