Usa o H2DataBase!
Eu o utilizo a bastante tempo e garanto q é mesmo bom!
http://www.h2database.com
Quanto aos formatos dos arquivos, vc ta viajando!!! E por q o Access usa o mdb??? LOL, e o HSQLDB não carrega todas as tabelas pra memória, só se vc forçar isto, acha q ele ia carregar pra memória uma tabela com 10.000 registros, se ta doido?!?!?
O H2DataBase funciona como o HSQLDB, mas é muito mais rápido, e suporta modo Cliente/Servidor, Custer, Memória, etc…
No caso do H2DataBase, gera arquivos:
.data.db
.index.db
.trace.db
.lock.db
.log.db
.temp.db
Mas a estrutura de arquivos o q q interessa? No teu caso nenhum des q funcione… lol, nem vou te explicar pra que serve cada aquivo, q é intuitivo, e acho q tb não é o mais importante.
Cada DB armazena os dados em disco de uma maneira, por isso não esquente!
Para o q vc quer o H2DataBase e o HSQLDB serve perfeitamente, qualquer um dos dois é 1000x melhor q Access, eu no H2DataBase chego a ter DBs de 20MB, com 25.000 registos em apenas 1 tabela, e o desempenho é excelente!