- Você deve saber as collections e, principalmente, quando e como usar cada uma:
Sets: HashSet, TreeSet, LinkedHashSet
Lists: ArrayList, LinkedList
Maps: TreeMap, HashMap, LinkedHashMap
Não deixe de usar essas classes através da sua interface, e não da implementação concreta, exemplo:
Set<Integer> set = new HashSet<Integer>();
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Você deve conhecer as classes de banco de dados: DataSource, Connection, PreparedStatement, ResultSet. E saber usar o Hibernate.
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É importante conhecer os Streams e Writers: PrintWriter, PrintStream;
No mais, vai depender da aplicação que você for desenvolver.
Mas sempre procure ler a fundo os tutoriais dos fabricantes e segui-los à risca, especialmente quando eles lhe indicarem uma boa prática.
É interessante ler livros como o Effective Java, que te explicam as boas práticas.
O pessoal aqui do GUJ é campeão em não fazer isso. Todo dia vejo tópicos com gente usando o DefaultTableModel, colocando null no primeiro parâmetro do JOptionPane, etc…