Qual é a melhor forma de se trabalhar com Annotations?

Ola pessoal!

utilizei o netbeans para gerar minhas entidades, o problema é que ele não gera as ligações one to many, many to many e etc… A única coisa que ele faz é gerar as entidades com um mapeamento simples e em caso de FK´s ele gera uma entidade PK (Ex: Pessoa --> PessoaPK)

Fiquei um tanto intrigado com essas duas formas de se trabalhar, tendo em vista que este tbm funciona!

As entidades geradas são parcialmente geradas e eu tenho que fazer na mão as ligações, ou é assim mesmo que funicona?

São duas formas de mapeamento diferentes?

obrigado!