O JUnit 4 está obsoleto? É melhor começar aprendendo o 4 ou 5? Vou ter dificuldade em encontrar artigos sobre o 5? O 5 é estável ou ainda é um tipo de “demo”? O 5 é pra uso geral ou é algo para algum nicho?
Isso tudo é muito relativo e depende de quais são tuas necessidades.
Pense no seguinte: existe algo na versão 5 que você realmente precisa e que a versão 4 não oferece?
Ainda não. Tanto que o 5, apesar de não ser compatível com o 4, oferece recursos para rodar testes das versões 3 e 4.
Como regra geral, comece sempre pelo mais recente a menos que vc tenha uma necessidade muito específica (por exemplo: sua empresa exige que você conheça a versão 4).
O 5 já está na versão estável.
Recomendo que você mesmo pesquise para ver se a quantidade e qualidade dos resultados te agradam.