Pura opinião.
Vou te dar 2 pontos de vista meus.
NetBeans é MUITO mais fácil a partir do momento que você não tem experiência de configuração de servidor, como o Tomcat, que já vem instalado, além de vários plugins tbém já instalados. Ele já possui um Controle de versão por padrão tbém, e etc. É bom pra desktop como o amigo de cima disse porque é mais fácil implementar interfaces graficas, GUI’s, pois já vem configurado pra isso - arrastar e soltar.(plugins)
O Eclipse é super “cru”, vem pouquíssima coisa instalada, vc precisa instalar o servidor, configurar manualmente, instalar plugins de todas as formas, configurar o Controle de versão. Se quiser desenvolver desktop, vai ter q instalar plugins pra te auxiliar, etc…
O ponto positivo é eu acho ele bem mais leve, e POPULAR.
Agora porque eu te indico o Eclipse, mesmo com tantos “problemas” iniciais:
- ele é + POPULAR: Vocẽ vai ter muito mais suporte, muito mais desenvolvedores o usam no mundo todo.
- e o que eu tenho a ver com os outros? Qualquer problema que der com seu eclipse, vai ter mais gente disposta a te ajudar, com mais experiência, vai ser mais fácil achar algum plugin pra instalar nele, caso seja necessário, em detrimento do NetBeans, que caso você precise eu acho mais difícil encontrar