Qual interface gráfica devo utilizar?

Procure por JInternalFrame.

Uma dica rápida que voce poderia usar para nao ter de abrir sempre janelas independentes seria voce criar um JFrame e tambem JInternalFrame, aonde voce teria uma frame (mae) e poderias ter varias frames internas. o seja voce poderia ter varios botoes ou menus dentro da frame mae e cada menu chamar um Jinternalframe diferente controlados dentro do ambiente do frame mae.

Com relação aos menus voce pode sim ter Menus. Existe um construtor na api do java para criar uma barra de menu ( JMenuBar barraMenu = new JMenuBar() , e depois teras de criar os menus, os submenus e dai em diante. e associa-los a barra.

Outra dica ainda é, que voce terá de seleccionar o Layout manager que voce irá usar para a sua frame.

De uma pesquisada no Google sobre Swing e os componntes dele, se vai ver que é facil e divertido de trabalhar…

Qualquer duvida voce não exite em postar .

Espero ter ajudado.

Realmente algumas coisas eu já estava utilizando como por o JMenuBar e o JGoodies como gerenciador de layouts.

Eu pesquisei um pouco esse fim de semana e achei alguma coisa de JInternalFrame, porém devo ter feito algo muito errado por que o resultado que eu obtive ficou muito pior que abrindo em janelas, ao instanciar o JInternalFrame, ele cria uma especie de janela filha, que só pode se mover dentro da Frame que a chamou, porém não é apenas um painel, é uma janela com barra de titulo, botões para fechar, etç,

Voces conhecem o iReport? eu gostaria de criar algo parecido, um painel IRREMOVIVEL, na parte de cima, contendo o menu e meia dúzia de botões, todo o espaço que sobra abaixo eu gostaria de dividir em tres partes, uma faixa pequena à esquerda pra armazenar atalhos e coisas do tipo, e uma faixa a direita onde eu exibiria informações e opções do modulo que está aberto atualmente, no espaço do centro seria utilizado para a abertura dos módulos. Como eu disse não conheço muito de Java pra desktop, mas gostaria de estudar/fazer algo do tipo. É possível?

Algumas alternativas como CardLayout, BorderLayout, JTabbedPane ou JSplitPane

Vou pesquisar esses temas, obrigado pela ajuda pessoal!

O que me parece é que voce esta querendo criar frames dentro de um frame principal … é isso ? ou seja um ambiente tipo um ide ou intrface com varias areas subdivididas.

Compreendo… da uma olhada no SwingSet2.jar que esta em programas/java/demo…

La voce vai ver muitas coisa

Uma opção é utilizar a API do eclipse, o SWT. Muito rápida, uma vez que ela faz chamadas nativas do SO.
Mas caso você esteja fazendo um programa multiplataforma é bom estudar bem o SWT antes de utilizá-lo.